Depois de mais algumas pesquisas, experiências e dores de cabeça (isso está me incomodando desde a noite passada), encontrei a solução. Além de adicionar as alterações mencionadas acima ao arquivo my.ini
innodb_buffer_pool_size = 256M
innodb_log_file_size = 256M
innodb_thread_concurrency = 16
innodb_flush_log_at_trx_commit = 2
Também adicionei esta linha ao final de my.ini
file
innodb_flush_method=normal
Agora tudo funciona bem. Parece que este é um bug relacionado ao tamanho do setor grande em discos rígidos de 2TB +. A fonte dessa solução pode ser encontrada em esta página .