Aqui está o motivo, eu finalmente descobri.
Os arquivos em C:\Users\MyUserNameHere.vagrant.d\boxes\precise32
são apenas arquivos básicos sobre os quais sistemas reais são construídos. O Real
instância da caixa precisa32 é então colocada sob um diretório
como:
C:\Users\MyUserName\VirtualBox VMs\name_of_the_directory_containing_the_Vagrantfile_default_1384903788
Que é criado quando o comando vagrant up
é emitido a partir desse diretório
contendo o Vagrantfile. No meu caso, o arquivo .vmdk
colocado aqui é 1.03GB
o que faz mais sentido.