No final (2,5 anos depois), uso uma combinação de ferramentas com base no que preciso pesquisar e substituir. Para substituições curtas, usei o AutoHotkey Hotstrings. Outras vezes, copio e colo de e para o Notepad ++ e uso sua pesquisa e substituição. Outras vezes, um arquivo em lote ou script bash cygwin faz o trabalho.