Eu tive o mesmo problema. Agora eu acho que você não pode forçar o netbeans a lidar com a rolagem nativa, mas há uma solução bastante útil:
Faça o download do "TouchMe Gesture Studio" na Windows Store: link
Isso lhe dará a possibilidade de definir seus próprios gestos multi-touch. Como já disse, não será possível ignorar a ação de deslizar com um dedo. Mas você pode usar outro gesto de furto (por exemplo, deslizar com dois dedos) e vinculá-lo ao evento de rolagem da roda do mouse. Especialmente isso funcionará no netbeans, assim como em qualquer outro aplicativo.