Você não especificou qual shell está usando, mas:
A variável de ambiente HISTFILE
define onde o histórico é armazenado. Com
unset HISTFILE
você pode dizer ao bash para parar de gravar comandos. Você pode reativá-lo com
export HISTFILE=${HOME}/.bash_history
De man bash
:
HISTFILE
The name of the file in which command history is saved (see HISTORY below). The default
value is ~/.bash_history. If unset, the command history is not saved when an interactive
shell exits.