Se você clicar com o botão direito em uma conversa na visualização de conversas, poderá acessar Mover > Mova sempre as mensagens nesta conversa.
Eu não descobri como fazer isso se aplicar automaticamente, ou seja, todos os novos e-mails são movidos para a pasta da conversa. Se alguém souber como fazer isso, por favor poste uma nova resposta.