Como o Windows Explorer não permite a criação de pastas cujos nomes começam com um ponto (embora o sistema de arquivos subjacente obviamente possa lidar com eles bem), acho que as Pastas Compactadas também não lidam com elas. De acordo com meus testes rápidos, parece adicionar apenas a pasta primeiro que começa com um ponto, ignorando o resto.
Como o "recurso" tem deficiências tão grandes (ele nem suporta Unicode neste dia e idade) , Eu recomendo que você use um arquivador adequado.