Como afirmado pelo kobaltz, os slots são compatíveis com versões anteriores e reverterão para o desempenho do PCIe2.
Para completar a resposta à parte 2 da sua pergunta:
do I need to be aware of power connectors? Ie will some motherboards have incompatible power connectors that won't work with my evga 8800 gt?
Por conector de energia você quer dizer que a saída na parte de trás do cartão é fornecida pela sua PSU e não pela placa-mãe. Portanto, enquanto você estiver usando a PSU atual e oferecer suporte à sua nova motherboard, você será bom. Então a verdadeira questão seria. Sua PSU existente suportará a nova placa-mãe? Beest para verificar fichas e pinos de ambos.