Não há desvantagens, tanto quanto eu saiba, além do projeto sem mão de obra; Então, se você for para situações realmente especializadas com o kernel, você pode se deparar com um bug ou dois.
Sim, você pode usar genkernel muito bem em muitas situações. Você pode encontrar algumas opções básicas de configuração em /etc/genkernel.conf , se precisar delas.