Eu nunca usei o Windows Movie Maker, então não sei muito sobre suas limitações. Parece que você deve ser capaz de instalar um codec (fornecido por, por exemplo, ffmpeg / libavcodec) e fazer com que o software o use, uma vez que foi assim que funcionou o outro software de edição de vídeo, mas eu não sei.
Eu usei o Avidemux para esse tipo de coisa antes, e achei muito fácil de usar (e é grátis / libre open source software).