Não faço ideia, mas esta seria a minha abordagem.
Eu mudaria o Common FilesDir e o (x86) para apontar para o novo alvo.
Não tenho certeza do que é o W6432Dir, mas meu palpite é o caminho que os programas x86 reportarão quando tentarem pesquisar o caminho dos Arquivos de Programas quando executados em um sistema operacional x64. Porque eu não acho que isso aponta para uma pasta real, eu seria mais cauteloso sobre este e fazer alguns testes completos.
Isso, para mim, parece uma solução incompleta. Uma solução melhor é mover a pasta e soltar uma junção ou um Symlink. Essa solução seria mais à prova de balas, porque pegaria programas que decidissem encontrar Arquivos de Programas por outros meios.