Eles se parecem um pouco com as sobreposições que você obtém com algumas ferramentas de controle de versão de origem, como o TortoiseSVN, para pastas de "cópia de trabalho". Melhor palpite - estes são arquivos não versionados (não no repositório a que a cópia de trabalho se refere).
Uma maneira de obter uma cópia de trabalho sem saber - o zip pode conter uma cópia de trabalho - uma cópia de trabalho de subversão é uma pasta com algumas coisas extras em pastas ".svn" ocultas e esse material oculto pode sobreviver zipado. No entanto, isso parece improvável - você esperaria que os arquivos fossem versionados dentro da cópia de trabalho.