Uma possível solução é uníssono : pode ser usada para sincronizar coisas em diferentes direções.
É capaz de detectar conflitos e solicitar correções manuais.
Funciona na conexão ssh, então é seguro, e você também pode misturar sistemas operacionais (usei linux, macosx e windows) e salvei meus dias.
Para mais informações veja também minha pequena revisão do blog .