Não, ssh-keygen
não suporta o formato de chave do PuTTY. Em ambos os sistemas operacionais, você precisará do PuTTYgen.
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No Windows, use o comando "Importar chave OpenSSH" do PuTTYgen.
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No Linux,
puttygen input.key -o output.ppk
.
O formato está documentado em sshpubk.c : 377 se você quiser escrever seu próprio programa.