Inicialize a partir do BootCD do Hiren (na verdade, você não precisa gravá-lo, é possível soltá-lo em um pendrive), escolha Mini Windows XP no menu e use-o para excluir esse diretório.
Acho que não preciso mencionar que, para fazer isso, você precisa ter uma licença do Windows XP; caso contrário, é ilegal.
Outra opção é usar alguma distro Linux com o driver ntfs-3g (por exemplo, Ubuntu), que é considerado seguro para escrever volumes NTFS - embora este seja um caso especial, então tenha cuidado.
Ah, e executar chkdsk /r C:
pode ajudar se isso for um problema do descritor de arquivo corrompido.