Encontrei esta questão ao tentar resolver um problema muito semelhante. A solução no meu caso foi adicionar map archive = no
à seção global do smb.conf.
O problema subjacente é o modo como o Samba mapeia as permissões do Dos para o Linux.
Parece que quando o notepad ++ salva um arquivo, ele está configurando / redefinindo o atributo "archive" do arquivo. Por padrão, o Samba usa isso para gerenciar o atributo de execução para permissões de usuário em um arquivo.
Então, se você definir o parâmetro Samba:
map archive = no
O atributo não está mapeado e as permissões de execução do usuário são mantidas de acordo com o que foi definido anteriormente.