Apenas testei isso, e copiar do meu servidor Ubuntu para o meu laptop com Windows 7 funcionou bem. O TortoiseHg reconheceu tudo e teve toda a história à mão.
Eu copiei via SFTP, portanto, os finais de linha foram convertidos para a versão do Windows. Espero que o Mercurial no Windows faça a coisa certa, mas se você quiser ter certeza, pode executar o unix2dos no PC com Windows após a cópia. Executá-lo de antemão no lado do Ubuntu vai deixar o seu repositório com os finais de linha errados, embora você possa consertar isso ...