Eu tenho lutado com isso e a melhor solução que eu tenho é link
Isso funcionou muito bem e faz com que muitos desses problemas de inicialização múltipla desapareçam. Se você só precisa mover o carregador de inicialização, o site tem um artigo explicando como fazer isso (não requer o produto deles): link Isso é provavelmente o que você quer: link
Usando isso, o BootITNG e seu produto de imagem eu consegui configurar instalações independentes do Ubuntu, Vista e Win7. Isso torna a restauração de um mush do SO mais fácil, mas as informações sobre como mover o gerenciador de inicialização são muito úteis por si só.