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Foobar com o verificador de integridade de arquivos pode fazer o truque .
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O codificador Flac irá verificar um arquivo com o argumento -t
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Você também pode querer comparar os arquivos com o accuraterip ou cuetools banco de dados.
Dito isso, digital é digital, não há motivo para que eles se degradem com o tempo, ao contrário da mídia analógica.