Eu iria com o Avidemux .
Primeiro eu os converteria em vídeo bruto, mesclaria-os, codificaria-os em x264 + ogg (mp4). Mas você deve pegar esses arquivos de filme em melhor qualidade que já vem em mp4. Diga-nos onde você conseguiu (se é um site de compartilhamento de vídeos como o YouTube), há uma maneira que eu acho de ter uma cópia melhor.