Você precisa convertê-los em WMV? Talvez outro formato de arquivo funcione melhor com o software que você tentou.
Caso contrário, parece que você já passou por muitos softwares; Não tenho certeza se algum outro software realmente funcionaria.
Em vez disso, você pode experimentar a gravação de tela dos arquivos SWF enquanto eles estão sendo reproduzidos. Tente gravar o arquivo SWF enquanto ele está sendo reproduzido com o Screenr e faça o download do vídeo criado. Certifique-se de que não está a reproduzir outros efeitos de música / som durante a gravação.
Outra opção que você pode experimentar é usar o novo laboratório do Google, o Swiffy . Pode converter arquivos SWF para HTML5. Eu não sei como isso funciona, mas você pode tentar.