Provavelmente não.
Se ainda estiver baixando as atualizações, interromper é bom, mas se o gerenciador de pacotes já tiver começado a descompactar arquivos, não o interrompa.
Na melhor das hipóteses, a interrupção do gerenciador de pacotes exigirá a execução de um sudo dpkg-reconfigure -a
, no pior dos casos, a interrupção durante a atualização do carregador de boot ou algo assim e isso pode ser ruim.