É mais provável que não seja um vírus escrito por um scriptkiddie. Os vírus são difíceis de escrever para * nix (para não dizer que não pode ser feito). Ele desliga ou faz logoff? Se desligar, você poderá verificar se o seu computador está superaquecendo.
Editar: Tente desabilitar os efeitos da área de trabalho (Compiz). O Ubuntu não quer jogar bem com placas gráficas ATI. Eu tive um problema com a retomada do modo de espera apenas para descobrir que o Ubuntu estava esquecendo de dizer a minha tela para ligar novamente por causa da minha placa gráfica.