As células de memória flash não continuam funcionando para sempre. Quanto mais vezes cada célula é gravada, mais ela se degrada. Wikipedia afirma que os cartões de memória típicos são projetados apenas para ter cada célula gravada em alguns milhares de vezes antes que a degradação cause dados corrupção.
A maioria dos dispositivos usa uma técnica chamada "wear leveling", que tenta espalhar as gravações pela memória. Isso significa que você não está constantemente martelando as mesmas células e fazendo com que elas falhem quando o resto da memória ainda está fresco. Por causa do nivelamento de desgaste, uma unidade flash USB deve durar até que a quantidade de dados que foi gravada seja aproximadamente alguns milhares de vezes sua capacidade. Por exemplo, uma unidade de gigabytes deve ser capaz de lidar com alguns terabytes de dados sendo gravados nela ao longo de sua vida útil.
Não tenho certeza do que você quer dizer com "apagar totalmente", mas acho que isso significa substituir todos os dados do cartão ou substituir o cartão inteiro. Isso tem o mesmo efeito que escrever a mesma quantidade de dados, em termos de desgaste de memória. Assim, por exemplo, escrever um megabyte de dados e, em seguida, sobrescrevê-lo, deveria ter aproximadamente o mesmo efeito, a longo prazo, do que apenas escrever dois megabytes de dados. Reformatar o pen drive deve ter aproximadamente o mesmo efeito que preencher completamente o cartão com os dados.
Portanto, para resumir, se toda vez que você gravar dados na unidade, você os excluirá sobrescrevendo, o que deve ser aproximadamente metade da vida útil da unidade (em comparação com uma exclusão padrão do sistema operacional, que marca as áreas do cartão como não utilizado, sem sobrescrever os dados armazenados nele). Talvez você se importe com isso; talvez você não saiba. Teria sido bom para alguns milhares de usos; agora você pode "usá-lo" apenas algumas vezes.
Se você excluir pela reformatação, a unidade se desgastará mais rápido: se você preencher a unidade em x-porcento e, em seguida, reformatar, estará gravando tantos dados quanto faria se preenchesse (100 x) porcentagem . Se você acabou de excluir os dados, poderá usar a unidade alguns milhares de vezes 100 / x vezes; reformatação significa que você só pode usá-lo alguns milhares de vezes 100 / (100 + x) vezes. A vida do cartão é reduzida por um fator de (100 + x) / x. Por exemplo, por um fator de três, se você apenas o preenchesse pela metade, e por um fator de 11, se você tivesse apenas 10% de preenchimento.