Alterei minha variável de ambiente CYGWIN de
export CYGWIN=winsymlinks:native
para
export CYGWIN=winsymlinks
O primeiro está na documentação atual , mas esse formato aparentemente não é suportado no Cygwin 1.7, mesmo que o 1.7 suporte links NTFS nativos.
Mudar para o formato antigo resolveu o problema.