Depois de mais análises, cheguei à seguinte conclusão:
O SSD que contém o sistema operacional está falhando, causando corrupção silenciosa e arbitrária de dados por pelo menos alguns dias.
Os efeitos observáveis foram - nesta ordem - diminuição do desempenho do disco, talvez pequenos erros de software inespecíficos, corrupção da chave privada de um certificado EFS, falhas do Explorer, BSOD.
Esta é minha reconstrução de eventos:
Aprox. 10 a 14 dias antes do incidente, o Windows, por algum motivo, criou um novo certificado EFS, cuja chave privada foi corrompida e, portanto, inacessível logo depois. Todos os arquivos que são agora undecryptable provavelmente foram reescritos depois que a chave privada foi perdida.
O comportamento errático do Windows provavelmente foi causado pelo SSD que estava morrendo, às vezes devolvendo dados corretos, às vezes não.
Além disso, aprendi que o Windows pode, sem nenhum erro, decodificar arquivos criptografados para o lixo. Portanto, ser capaz de descriptografar arquivos não prova sua integridade. (Ou seja, o SSD pode ter fornecido dados corrompidos para o Windows, mas o Windows não detectou isso ao descriptografar os arquivos.)