O Skype provavelmente quer se atualizar, já que você está usando uma versão desatualizada. A versão atual é 5.5 e a sua é 4.2. Para instalar uma atualização, é necessário elevar para o Administrador.
Não encontrei uma maneira de desativar as atualizações no Skype, pelo menos na versão 5.5, por isso acho que você precisa atualizar para uma versão mais recente ou conviver com esse incômodo.