O ClamAV faz a varredura de vírus do Windows, mas você está certo, ele não funciona muito bem em comparação com as alternativas do Windows. No entanto, eu não conheço nenhum outro antivírus free para Linux, não é um projeto realmente interessante para a comunidade Open Source, parece.
No entanto, as principais marcas no mundo dos antivírus têm soluções para o Linux. Kaspersky tem um, A Panda Software também tem um, AVG está na mesma equipe. Não tenho certeza qual deles funciona melhor, nunca tentei nada disso.