Eu pessoalmente uso MacPorts, já que estou acostumado com isso e entendo onde os arquivos podem ser encontrados para instalar subseqüentemente aplicativos não-MacPorts com dependências. No entanto, o artigo Use a excelente coleção de pacotes pkgsrc do NetBSD em O Mac OS X descreve o uso do pkgsrc em uma imagem de disco contida, para que não interfira na instalação principal do OS X, e você pode movê-lo de um sistema para outro!
Eu também encontrei um tópico de discussão com uma menção positiva de pkgsrc em 10.5 pelo menos.
Isso deve fornecer mais informações para ajudá-lo a tomar uma decisão, embora não seja um voto definido para nenhum dos gerenciadores de pacotes.