O ffmpeg trata GIFs como filmes, não imagens únicas. Sempre. Portanto, temos que combinar videoválvulas em vez de agrupar os quadros. Aqui está a solução:
ffmpeg -f concat -i filelist.txt -c:v libx264 mymovie.mp4
filelist.txt de acordo com o manual do ffmpeg deve ser o próximo formato:
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file '/path/img000001.gif'
file '/path/img000002.gif'
file '/path/img000003.gif'
. . . . .