Isso soa como um problema de permissão. Normalmente, dispositivos flash USB externos grandes são formatados com NTFS, o que suporta permissões para criar, editar, ler, excluir arquivos / diretórios.
Como isso é indesejado em um flash USB externo, todos os arquivos geralmente são criados usando a permissão "Todos" definida como "Controle total". Pode ser por causa de um erro ou de um determinado aplicativo que parece que as permissões foram alteradas.
Eu faria o seguinte:
- Primeiro eu verifico o disco em busca de erros (chkdsk).
- No Windows 7/8, abra a página de propriedades do disco e selecione a guia de segurança. Edite as permissões e adicione "Controle total" para Todos e aplique-o a todos os arquivos, pastas e subpastas.
Como alternativa, você pode fazer backup de todos os arquivos do pendrive e formatá-lo como novo. Isso também deve "apagar" todos os seus problemas.