Existe uma resposta bem escrita de stackoverflow .
Portanto, não, isso não afeta seus comandos. A manipulação do ERRORLEVEL é apenas diferente. Em cmd, o ERRORLEVEL será definido independentemente de haver um erro ou não.
Bat só faz, se houver um erro.
From Wikipedia:
New Quote from Wikipedia
The only known difference between .cmd and .bat file execution is that in a .cmd file the ERRORLEVEL variable changes even on a successful command that is affected by Command Extensions (when Command Extensions are enabled), whereas in .bat files the ERRORLEVEL variable changes only upon errors.
A origem da citação da Wikipedia acima é, na verdade, baseada em este grupo de notícias postagem .
The differences between .CMD and .BAT as far as CMD.EXE is concerned are: With extensions enabled, PATH/APPEND/PROMPT/SET/ASSOC in .CMD files will set ERRORLEVEL regardless of error. .BAT sets ERRORLEVEL only on errors.
Note apenas que é um pouco mais restritivo em relação às diferenças, do que o texto da Wikipedia, mas também vale a pena ser explicitamente mencionado, dado o fato Mark Zbikowski - que dá um enorme bônus de credibilidade IMHO.