A principal diferença é:
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Quando você pega o código fonte e o compila em seu sistema, você pode tornar os resultados mais adaptados ao seu sistema, usando sinalizadores durante o processo de compilação para torná-lo ciente de sua CPU, GPU, bibliotecas existentes, etc.
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Um binário baixado foi compilado para funcionar na maioria dos ambientes, por isso não é otimizado para ambientes específicos.