Você precisaria usar o sistema de arquivos para / home que é freezable e, portanto, amigável ao snapshot. O XFS tem um mecanismo de congelamento / descongelamento muito confiável. Portanto, se você formatar sua partição / home com o xfs, poderá usar o seguinte procedimento.
$ xfs-freeze -f /home
<do the snapshotting>
$ xfs-freeze -u /home
Eu não tentei isso com o VirtualBox, mas fizemos algo muito semelhante em nossas instâncias de banco de dados de produção para tirar fotos do nosso banco de dados mysql.