Por este tópico na lista de discussão pandoc-discuss, você deve poder para expandir as referências adicionando
-t markdown-citations
para seus argumentos pandoc. Isso se traduz em "markdown minus citations" - ou seja, você está desabilitando a extensão citations
no formato de saída, então a chave de citação será expandida na saída. (Pelo menos, é assim que eu interpreto isso.)
Eu tentei isso com seu exemplo mínimo e a versão 1.17.0.2 do pandoc, e ele produziu a seguinte saída:
**???**
<div id="refs" class="references">
<div id="ref-PTDL2008">
<span style="font-variant:small-caps;">Papazoglou, Michael P.</span> ;
<span style="font-variant:small-caps;">Traverso, Paolo</span> ; <span
style="font-variant:small-caps;">Dustdar, Schahram</span> ; <span
style="font-variant:small-caps;">Leymann, Frank</span>: Service-Oriented
Computing: State of the Art and Research Challenges. In: *International
Journal of Cooperative Information Systems (IJCIS)* Bd. 17 (2008),
Nr. 2, S. 233–255
</div>
</div>
Assim, a referência foi formatada, mas contém tags HTML para coisas que o markdown não pode fazer de forma nativa. Se você quiser um markdown "puro", você precisa desabilitar mais algumas extensões no seu especificador de saída - use
-t markdown-raw_html-citations-native_divs-native_spans
e você terá
**???**
PAPAZOGLOU, MICHAEL P. ; TRAVERSO, PAOLO ; DUSTDAR, SCHAHRAM ; LEYMANN,
FRANK: Service-Oriented Computing: State of the Art and Research
Challenges. In: *International Journal of Cooperative Information
Systems (IJCIS)* Bd. 17 (2008), Nr. 2, S. 233–255
Agora, as "pequenas capitalizações", obrigatórias pelo arquivo CSL, agora foram aproximadas usando-se letras maiúsculas antigas.
Infelizmente, isso só leva você a uma solução: a entrada bibliográfica está formatada corretamente, mas, por algum motivo, a própria citação no texto aparece como **???**
. Ainda não encontrei uma solução para isso.