O problema não é causado pela criação de uma tecla de atalho. Eu observei o mesmo comportamento reintroduzindo manualmente: Seleção - > Selecione Tudo, Editar - > Line, Reindent.
Sublime Text "reindent" de acordo com as regras da sintaxe selecionada.
Com "Texto sem formatação" selecionado, os formatos de código sem recuo como você descobriu.
Com "Ruby" selecionado, o código é reencaminhado como seria de esperar.