Bem, o Windows 2003 Resource Kit tinha dois programas CLI para gravar imagens ISO. Uma vez eu vi um programa usando estes para gravar uma pasta, mas afaik não funcionava com arquivos.
Um bom programa projetado para gravação via linha de comando é CreateCD .
Isso deve funcionar, e provavelmente é mais fácil do que conseguir o cdrdao ou cdrtools para trabalhar. Embora eles também tenham uma boa reputação ;-).
Além disso, o freeware de gravação popular, como o CDBurnerXP , ImgBurn suporta a gravação a partir de uma linha de comando.
Eu também uso o ImgBurn.