A solução que encontrei para isso foi não usar o gerenciador de pacotes Gnome, mas usar o comando terminal:
tar -czf myproject.tar.gz myoriginalproject
Você deve então poder descompactar o tarball como faz na sua pergunta, mas sem esses erros irritantes.
Isso parece ser um problema com o gerenciador de pacotes do Gnome. Quando criei um tarball com ele, em seguida, inspecionei-o com o gerenciador de archive, parecia que os links simbólicos haviam sido preenchidos com o conteúdo do diretório de destino e o diretório de destino estava vazio.
Espero que isso ajude.