Sim, você deve usar uma fonte diferente. No Readme de seus arquivos de ponto o autor de prezto menciona a fonte de Mônaco. Você pode obter um em aqui
Eu configurei o perzto com o zsh no cygwin. Eu estou usando o tema sorin padrão como meu prompt. Eu vejo 3 retângulos como o final do meu prompt em vez de 3 "> > >". Existe uma maneira de consertar isso? Posso usar uma fonte diferente para corrigir esse problema?
Sim, você deve usar uma fonte diferente. No Readme de seus arquivos de ponto o autor de prezto menciona a fonte de Mônaco. Você pode obter um em aqui