uswsusp - usa os recursos do kernel para fazer uma suspensão do software userspace. O Hibernate é um conjunto de scripts que usará uma variedade de métodos (incluindo uswsusp) para executar a hibernação - dependendo do que está instalado e disponível na máquina local (ACPI e suspensão in-kernel são métodos alternativos para alcançar a mesma coisa). O Hibernate também cuidará de descarregar e recarregar módulos do kernel.
Então uswsusp é muito mais básico - e para a maioria dos propósitos você deveria estar usando o comando hibernate para hibernar.