Geralmente, não é recomendável permitir o acesso remoto direto à raiz. Se você habilitar o login root direto via SSH, qualquer um pode tentar forçar sua senha root, onde eles podem fazer o que quiserem com seu servidor.
Dito isto, se estiver preparado para o fazer, deverá configurar o início de sessão de chave pública , como é mais seguro que o login baseado em senha. Essa página inclui instruções sobre como configurar isso para raiz. Uma vez configurado, você pode configurar seu cliente SFTP para login via chave ao invés de senha.