Os comentários já sugeriram que o Xmarks tenha perfis diferentes, já que o próprio Firefox Sync não pode tê-los.
Eu, pessoalmente, estou acostumado a marcar todas as páginas que eu gosto, (nsfw incluído), mas com o tempo, não é uma boa idéia, porque o próprio firefox tende a ficar lento tendo que selecionar tantos marcadores (i agora tem mais de 5500).
Então, o que eu comecei a fazer é NÃO usar marcadores regulares para cada página que eu quero salvar. Em vez disso, comecei a usar os serviços de bookmarking on-line, ou seja, Diigo e Delicious .
Dessa forma, você pode salvar quantos marcadores desejar e mantê-los separados dos marcadores "reais", isto é, páginas que você visita com frequência e deseja disponibilizá-las rapidamente. Para qualquer outra página que você deseja salvar, um bom vídeo do youtube, um artigo interessante, um link nsfw pervertido, um site de bricolagem, uma boa piada, você nomeia, é melhor (IMHO) salvá-los fora do firefox.
A vantagem adicional é que você pode recuperar QUALQUER dessas páginas de qualquer outra máquina e de qualquer outro navegador. Basta fazer login na sua conta, até mesmo compartilhá-los, marcando os links como privados (para que você possa acessá-los apenas por meio da sua conta) ou público, como um serviço de "favoritos sociais".
Além disso, você nunca precisa se preocupar se a instalação do seu Firefox (ou arquivo de bookmarks) ficar corrompida, ou se você perder o acesso à sua máquina de trabalho e alguém pode atrapalhar seus favoritos locais.
Na verdade, vou começar simplesmente a excluir muitos dos meus favoritos do firefox porque eles agora vivem na nuvem e salvam localmente as coisas que realmente importam.
É claro que o Xmarks é perfeito para sincronizar as instalações do firefox e, na verdade, eu também tenho um perfil Home e Work, mas percebi que, com o tempo, isso simplesmente não funciona.
É desnecessário dizer, mas sempre faça backups locais de seus favoritos em cada máquina, e salve-os em outro lugar (por exemplo, exporte-os no firefox para um arquivo e envie-os por email para você).
A linha inferior, use serviços de bookmark on-line. Você pode marcar, classificar, agrupar, compartilhar, pesquisar tudo e não dependerá de um único navegador ou de um único acréscimo.
Diga-me se funciona para você!