É possível que o seu arquivo MKV esteja corrompido. Isso é uma ocorrência bastante comum e, se não for muito danificado, pode ser facilmente reparado usando o utilitário Meteorite. Você pode baixá-lo aqui: link É um utilitário portátil, por isso não requer instalação. Basta executá-lo, arrastar e soltar o suspeito MKV nele e esperar até que seja feito. Copie o arquivo reparado no seu drive USB e experimente-o.
Se isso não resolver o seu problema, você precisará fornecer mais informações, como: Você recebe algum tipo de mensagem de erro quando ela para? Outros arquivos MKV são reproduzidos no seu home theater sem problemas? Este arquivo funciona se estiver em uma unidade USB diferente? Você já tentou em um home cinema diferente ou TV com capacidade USB?
ATUALIZAÇÃO: Experimente o Meteorite e, se isso não funcionar, talvez você possa obter mais informações sobre o arquivo que podem ser úteis usando algo como o MediaInfo: link e poste aqui. Pela sua atualização, parece que você mesmo criou o arquivo e, se esse for o caso, será útil conhecer o software que você usou - o MediaInfo fornecerá as configurações.