É possível instalar o sistema operacional em USB, tenho um miniserver a partir de um subportátil configurado dessa maneira e funciona perfeitamente desde mais de dois anos.
A velocidade do USB não é tanto quanto o SATA / SAS, então talvez seja uma solução melhor substituir os discos rígidos internos de 3,5 "para os de 2,5". É o mesmo poder, mas melhor velocidade. Você pode configurar o HDD para baixo com o comando hdparm -B
. Geralmente eu não uso, porque reduz o tempo de vida do disco rígido, e um consumo de energia de 2,5 "HDD é inferior a 2W (nos meus testes)
Qual problema causa na configuração?