O pacote gnome é um meta-pacote que depende de transmission-gtk . Então, removendo o pacote transmission-gtk, você faz com que o pacote gnome tenha dependências quebradas, então é removido.
Existem duas maneiras de resolver isso. Você pode usar as ferramentas do pacote equivs para criar um pacote fictício para preencher a dependência ou marcar todos os pacotes dos quais o pacote gnome depende, pois não serão instalados automaticamente e, em seguida, remover o gnome package (marcando-os como não sendo instalados automaticamente, eles não serão removidos quando você remover o pacote do gnome).