Você pode configurar o IMAP no Outlook e o Outlook normalmente apresentará como se você tivesse duas caixas de correio diferentes (uma para POP, uma para IMAP).
Quando você configura a conta no Outlook - certifique-se de rotulá-los corretamente (para saber qual é o IMAP, qual deles é POP) e, em seguida, simplesmente arraste e solte (ou copie e cole) seu email pastas) do lado do POP para o lado do IMAP.