Você sempre pode abordá-lo indo ao Editor do Registro. Se você não estiver familiarizado com a edição do registro, sugiro que você faça o backup antes de tentar qualquer coisa.
Você pode encontrar a extensão em HKEY_CLASSES_ROOT \ .yourextension
Por exemplo, vamos usar a extensão .RAR do WinRAR. Para isso, eu teria que ir para HKEY_CLASSES_ROOT \ .rar no Editor do Registro. Como você pode ver na imagem abaixo, a chave (Padrão) REG_SZ aponta para WinRAR .
Agoravamosparaachavedoregistroquerealmentecontémasinformaçõesdoaplicativo.IssoéWinRARetambémdeveestarlocalizadoemHKEY_CLASSES_ROOT.Porisso,eleestarálocalizadoemHKEY_CLASSES_ROOT\WinRAR.Comovocêpodevernaimagemabaixo,sobachaveWinRAR,vocêpodepulardiretamenteparashell\open\command.
Como mostrado acima, você apenas edita a chave (Padrão) e coloca o caminho para seu aplicativo entre aspas duplas, depois um espaço e seguido por % 1 entre aspas duplas também. % 1 indica o caminho para o seu arquivo.
Espero que essa explicação um pouco longa sirva como modelo para que você possa remapear facilmente a extensão do arquivo para o executável recém-atualizado. Uma vez que você pegar o jeito disso, deve ser bem fácil de agora em diante.