O ícone original do Dropbox não é simplesmente um atalho para a sua pasta de sincronização do Dropbox. É um atalho para o dropbox.exe. Agora, quando você aciona o dropbox.exe, ele inicia o programa de sincronização. O programa de sincronização, quando acionado manualmente, também abre o diretório de sincronização. Se o Dropbox já estiver em execução, o acionamento do dropbox.exe verá que ele já está em execução e não iniciará outra instância, mas ainda abrirá o diretório de sincronização. Esta é a razão pela qual o atalho original demora muito enquanto seu atalho é rápido como seria de esperar. Seu atalho é de fato apenas para abrir a pasta, enquanto o original é um atalho para um programa, que, por sua vez, abre a pasta APÓS iniciar a sincronização ou verificar se ela está sendo executada.
A razão pela qual o atalho continua sendo substituído pelo original é simples. O Dropbox tem um cheque e garante que o atalho está lá. Se não for, cria-o. Então, ele verifica, vê que o atalho está faltando e vai em frente e escreve o atalho. Como o atalho criado manualmente tem o mesmo nome, ele é sobrescrito pelo criado pelo programa Dropbox. Então, crie seu atalho com um nome diferente