Eu não sei como remover automaticamente esses certificados, mas você pode limpá-los, indo para Painel de controle - > Opções da Internet - > Guia Conteúdo - > Certificados Selecione aqueles dos quais deseja se livrar e clique em Remover.
Caso contrário, você precisará escrever um utilitário que detecte o evento de inserção de cartão inteligente, em seguida, lista e lembra todos os certificados e, finalmente, exclui-os do armazenamento de certificados no evento de remoção de cartão inteligente.
Se você pretende seguir esse caminho, além da documentação detalhada pode-se encontrar no site da Microsoft, aqui estão algumas referências que podem lhe dar alguma compreensão da programação necessária:
Como enumerar todos os certificados em um cartão inteligente (PowerShell, mas pode ser adaptado para C / C ##)
Um Smart Card Framework para .NET
biblioteca de pcsc-sharp