Esta solução funciona para mim:
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Instale o nautilus-dropbox (sim, ele usa o Nautilus, mas vamos integrá-lo no Thunar no passo 4)
sudo apt-get install nautilus-dropbox
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Iniciar o daemon do Dropbox:
~/.dropbox-dist/dropboxd
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Adicione o Dropbox ao início:
Gerenciador de configurações > Sessão e inicialização > Aplicações Autostart > Adicionar
em "Nome", digite "Dropbox"
em "Comando", digite "/home/USERNAME/.dropbox-dist/dropboxd"
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Instale a extensão do Dropbox Thunar: 32bit , 64bit ou source
Para mim, funciona como um encanto, exceto que, quando clico para "Abrir pasta do Dropbox" do miniaplicativo do painel do Dropbox, ele abre o Nautilus em vez do Thunar.
edit: Também é útil adicionar um link de pasta do Dropbox à barra lateral do Thunar. Isso pode ser feito simplesmente arrastando e soltando a pasta do Dropbox na barra lateral.